https://stackoverflow.com/questions/1552749/difference-between-cr-lf-lf-and-cr-line-break-types
Para cambiar de uno a otro se puede usar perl qué viene preinstalado en la gran mayoría de distribuciones.
perl -pi -e 's/\r\n/\n/g' NombreArchivo.ext
Para hacerlo recursivamente a archivos de una extensión (ex. *.txt) podríamos hacer:
find . -type f -name "*.txt" -exec perl -pi -e 's/\r\n/\n/g' {} \;
Gracias